Gonxhë Agnes Bojaxhiu është e lindur më 26 gusht 1910, në atë kohë rruga “Pop Koçina” numër 14, që ndodhej në sheshin aktual Maqedonia. Ajo ishte fëmija më i vogël në familje, ajo kishte motrën më të moshuar Age dhe vëllanë më të moshuar Lazarin. Ageja lindi në vitin 1904 dhe Lazari në vitin 1907. Të dhënat për babanë e Gonxhes, Nikolla Bojaxhiu, nuk janë pastruar plotësisht. Sipas disave, ai ka qenë tregtar, ndërsa sipas disa të tjerëve ndihmës farmacie. Ai ishte gjithashtu anëtar i Këshillit të Shkupit si i vetmi katolik. Ka vdekur në vitin 1919. Nëna Drana ishte një shtëpiake dhe një grua jashtëzakonisht fetare. Ajo rrjedh nga familja Bernaj nga Prizreni, Kosovë. Babai i saj ishte tregtar dhe pronar i i madh i pronave.

Gonxhja ka origjinën nga një familje e pasur dhe në të sundonte rregulli për të ndihmuar këdo që ka nevojë për ndihmë. Drana ishte një grua e denjë dhe për t’i mundësuar fëmijëve të saj të kenë një jetë të sigurt, pas vdekjes së Nikollës, ajo filloi  të qepë dhe qëndisë.

Besohet se emri i Gonxhës ishte zgjedhur nga babai i saj. Është një emër turk dhe do të thotë burbuqe ose lule trëndafili. Kur ajo mbushi shtatë vjet, ajo shkoi në shkollë, së pari në kishën “Zemra e Shenjtë e Jezusit” dhe më vonë në shkollën e shtetit. Në Kishën Katolike në Shkup, ku u pagëzua vetëm një ditë pas lindjes së saj, ajo mori kungimin e parë. Gonxhja, këndoi në kor, luajti në teatrin e kishës dhe teatrin e qytetit, vallëzonte, recitoi, luante mandolinën, shkroi poezi.

Në fillim të shekullit të XX, Kisha Katolike Zemra e Shenjtë e Jezusit në Shkup, u qeveris nga rendi i popullit të Jezuit. Ati Franjo Jambrekoviqi shpesh besimtarëve u lexonte letra nga misionarët nga India dhe Afrika dhe shpjegonte në mënyrë të  pikturuar jetën e misionarëve.

Në këtë mënyrë, ai luajti një rol të madh në vendimin e Gonxhes së vogël për t’u nisur për në Indi dhe për t’i kushtuar jetën Perëndisë.

Në moshën 12 vjeçare mori një thirrje nga Perëndia dhe ajo mori vendimin përfundimtar për të lënë Shkupin.

Pas 6 vjetësh, ajo më në fund lë Shkupin e saj të lindjes. Nga stacioni i trenit në Shkup udhëton për në Dublin, Irlandë. Së bashku me nënën Drana dhe motrën Age largohen për në Zagreb, ku pas dy javësh, Gonxhja largohet për në Irlandë. Ky është takimi i fundit i Gonxhes me nënën dhe motrën e saj.